A.ご回答内容

名古屋市内に所在する医療機関等が、難病法に基づく指定医療機関の指定を受けようとする場合は、名古屋市へ新規申請が必要となります。
新規申請の場合の指定の有効期間の開始日は、原則、申請受理日の翌月1日となりますので、特定医療費の公費を併用して診療報酬請求をされる予定がある場合は、早めに手続きをしていただきますようお願いします。

提出書類、提出先など詳しくは名古屋市公式ウェブサイトの下記ページからご確認ください。
https://www.city.nagoya.jp/kurashi/category/8-16-2-1-5-2-0-0-0-0.html